El claustro, patio abierto, no solo conectaba los diversos ambientes en los que transcurrían sus jornadas, sino que también facilitaba el diálogo, la fraternidad, el estudio y la oración común; por ello, es imagen de esta forma de vida. La inscripción musiva, aún perfectamente legible, afirma, entre otras cosas: «claustri structura sit vobis docta figura»; es decir: que la propia estructura del claustro sea para vosotros figura docta de la vida en común.
A lo largo de las paredes se conserva todavía la cátedra papal de época medieval llamada “silla estercórea”, porque en el antiguo rito se recordaba al Papa recién elegido que él era solamente un hombre, y que el Señor, como dice el salmo que se le leía:
«levanta del polvo al pobre,
saca al desvalido del estiércol,
para sentarlo con los príncipes,
los príncipes de su pueblo». (Sal 113 (112), 7-9).
En el claustro se conserva también lo que queda del magnífico sepulcro esculpido por Arnolfo di Cambio para Riccardo Annibaldi, tío del Annibaldi que fue discípulo y amigo de santo Tomás de Aquino. En esta obra de Arnolfo, anterior a Giotto, puede verse el incipiente humanismo del medievo romano, con representaciones que ya no tienen nada de bizantino: en el cortejo fúnebre aparecen dos portadores de antorchas, dos figuras que sostienen el misal y la mitra, otra que lleva el recipiente del agua bendita e incluso un ministrante que sopla, con las mejillas hinchadas, en el incensario, para avivar el fuego.
Asimismo, en el claustro se conserva la lápida con el rostro de Lorenzo Valla, que murió siendo canónigo lateranense. En ella aparecen también los libros que indican su condición de humanista.
