Entre las numerosas obras de arte, los monumentos y las capillas de la basílica, cabe destacar el sepulcro de León XIII, el Papa de la Rerum Novarum, que quiso ser sepultado aquí. Su tumba se encuentra sobre la puerta que conduce a la sacristía. El cuerpo del pontífice fue trasladado hasta la basílica de modo oculto, por la noche, a causa del periodo de anticlericalismo que siguió a la unidad de Italia.
El órgano que está en el transepto derecho, en lo alto, fue construido por Luca Blasi en los años 1597 a 1599, cuando los instrumentos aún no habían sido “templados”. Entre otros, lo tocó el gran compositor G. F. Händel. Fue precisamente en San Juan de Letrán donde nació la nomenclatura de las siete notas musicales que aún se usa hoy en día (ut -que luego fue do-, re, mi, fa, sol, la, si), a partir de un himno a san Juan Bautista –Ut queant laxis– cuyos versos comenzaban con estas sílabas.
La capilla Corsini, primera a la izquierda, fue realizada por Alessandro Galilei para la familia del Papa Clemente XII, y constituye una joya del barroco romano tardío. El mismo arquitecto realizó después la fachada.
La puerta central de entrada en la basílica es una de las tres puertas de bronce de la antigua Roma que se han conservado hasta el día de hoy. Pertenecía al Senado Romano, y fue Borromini quien la hizo adaptar para su nuevo uso, alzándola algunos centímetros, con ocasión de la restauración del interior de la basílica.