Dans la basilique, parmi les nombreuses œuvres d'art, monuments et chapelles, il convient de mentionner le tombeau de Léon XIII, le pape de Rerum Novarum, qui a voulu être enterré dans la basilique. Son tombeau est situé au-dessus de la porte qui mène à la sacristie - le corps du pontife fut secrètement transféré la nuit à la basilique, dans une période d'anticléricalisme consécutive à l'unification de l'Italie.
L'orgue qui est en haut dans le transept droit, est un instrument très ancien construit par Luca Blasi dans les années 1597-1599, alors que les instruments n'étaient pas encore “tempérés”. Entre autres, G.W. Haendel l’a joué. La nomenclature des sept notes encore en usage aujourd'hui (ut[poi do]-re-mi-fa-sol-la-si) est née à Saint Jean de Latran, à partir d'un hymne à Saint Jean-Baptiste – Ut queant laxis – dont les vers commençaient par ces syllabes.
La chapelle Corsini, la première à gauche, fut réalisée par Galilée, qui érigea ensuite la façade, pour la famille du pape Clément XII et c’est un joyau du baroque romain tardif.
Le portail d'entrée central de la basilique est l'une des trois portes en bronze de l'époque romaine qui ont été conservée. Dans l'Antiquité, elle appartenait au Sénat romain et c'est Borromini, lors de la restauration de l'intérieur de la basilique, qui la fit "ajuster" au nouvel agencement, en l'élevant de quelques centimètres.