Na Basílica, entre as muitas obras de arte, monumentos e capelas, é de destacar o túmulo de Leão XIII, o papa da Rerum Novarum, que quis ser sepultado na Basílica. O seu túmulo está localizado acima da porta que conduz à sacristia – o corpo do pontífice foi secretamente transferido à noite para a Basílica, num período de anticlericalismo após a unificação de Itália.
O órgão que está no alto, no transepto direito, é um instrumento muito antigo construído por Luca Blasi nos anos de 1597-1599, quando os instrumentos ainda não tinham sido “temperados”. Entre outros, foi tocado por G.F. Händel. Foi em São João de Latrão que nasceu a nomenclatura das sete notas ainda hoje utilizadas (ut[mais tarde dó]-ré-mi-fá-sol-lá-si), partindo de um hino a São João Batista – Ut queant laxis – cujos versos começavam por estas sílabas.
A Capela Corsini, a primeira à esquerda, foi construída por Galileu, que ergueu depois a fachada, para a família do Papa Clemente XII e é uma joia do barroco romano tardio.
O portal central de entrada da Basílica é uma das três portas de bronze da era romana que sobreviveram. Pertencia antigamente ao Senado Romano e foi Borromini, durante o restauro do interior da Basílica, que a “ajustou” ao novo plano, elevando-a alguns centímetros.