Le bâtiment du Saint-Escalier abrite ce que la tradition indique comme l'escalier qui se trouvait dans le prétoire de Ponce Pilate, taché par le sang de Jésus. L'histoire de ce lieu rappelle celle du supposé Patriarcat, fondé par le pape Sylvestre Ier, pontife sous l'empereur Constantin. L'achèvement du Patriarchium eut lieu en 324, lorsque le pape Sylvestre Ier le déclara Domus Dei (Maison de Dieu) ensemble avec la Basilique adjacente. Au cours des siècles suivants, la résidence de l'Evêque de Rome devint toujours plus grande et richement décorée, également en raison de la tenue de cérémonies papales qui étaient progressivement codifiées. Elle était composée de salles de réception, de chapelles, d'archives réunies par des cours et couloirs intérieurs dont l’ensemble formaient la résidence papale qui demeurera telle jusqu'à l'exil avignonnais. Dans le Patriarcat, en plus de la Basilique elle-même, il y avait un portique qui reliait le palais au Saint Escalier. Sous le pape Sixte V, à qui l’on doit de nombreux travaux dans la ville de Rome, le Saint-Escalier fut déplacé pour devenir le chemin qui mène à la chapelle du Sancta Sanctorum.
Cependant, compte tenu de la valeur de l'escalier susmentionné, le cycle pictural qui l'encadre aujourd'hui fut réalisé avant la translation de l'escalier afin que les peintres n’en piétinent pas la sacralité. Le cycle de fresques, réalisé sous la direction de Cesare Nebbia et Giovanni Guerra, représente des scènes de la Passion du Christ. Le Saint-Escalier se compose de vingt-huit marches en marbre blanc recouvertes, sous le pontificat du pape Innocent XIII, de bois d'érable pour en éviter l'usure.
A côté du Saint-Escalier, que l’on peut encore aujourd'hui parcourir uniquement à genoux, se trouvent deux autres escaliers qui permettent d'accéder à la chapelle du Sancta Sanctorum. Le cycle de fresques qui décore les murs de ces escaliers mineurs présente des scènes de l'Ancien Testament.