L'abside est aujourd'hui en retrait par rapport à l'ancienne. En effet, en 1884, Léon XIII souhaitait un agrandissement du presbytère. Selon les critères d'intervention artistique discutables de l'époque, on a refait la mosaïque du XIIIe siècle, en conservant son iconographie intacte, mais altérant irrémédiablement sa dimension artistique. La mosaïque avait été commandée par le pape Nicolas IV (1288-1292), premier franciscain à être élu pape, à Jacopo Torriti, qui avait à son tour modifié la mosaïque du Ve siècle.
La mosaïque de l'abside représente en haut le visage du Christ - dont la tradition dit qu'il est apparu miraculeusement à saint Jean - et en bas la colombe de l'Esprit. Il est probable qu'à l'origine, au-dessus du visage du Christ était représentée la main du Père pour composer la Trinité.
Toute la Miséricorde de la Trinité est révélée dans la croix ornée de joyaux qui se trouve en dessous et qui comme enveloppée de lumière devient de l'eau. Le baptême de Jésus annonce qu'il est le Fils bien-aimé de Dieu. Par notre baptême, nous sommes unis à Lui pour devenir nous aussi des enfants de Dieu.
En effet, à la base de la croix se dresse une montagne paradisiaque d'où jaillit une eau qui se divise en quatre fleuves, rappelant la fécondité promise dans la Genèse et réalisée dans la Jérusalem céleste (Gn 2,10-14 et Ap 22,1). Deux cerfs et une infinité de créatures qui tirent leur vie de la Trinité révélée dans la croix s'abreuvent à cette eau. En somme, c'est toute l'Église, sacrement de l'humanité, qui s'abreuve à la source de vie.
L'Église est également représentée par les murs ornés de joyaux de la Jérusalem céleste, protégés par l'archange Michel qui se trouve sous la croix. Les apôtres Pierre et Paul se trouvent sur ses tours dorées, tandis qu'au centre on peut voir le phénix de la mythologie arabe, symbole médiéval de l'immortalité.
À gauche de la croix, la Vierge intercède pour le pape Nicolas IV agenouillé, suivi de saint François, de petite taille, accompagné des saints Pierre et Paul ; à droite, le Baptiste, qui complète la deesis, est suivi de saint Antoine, également de petite taille, et des saints Jean et André.
Plus bas se trouvent les neuf autres apôtres et deux petites figures en habit franciscain, représentant Jacopo Torriti, le mosaïste, et Jacopo da Camerino qui l'a aidé, manifestement des frères artistes.
