La Basilique se présente aujourd'hui dans la forme que le Pape Innocent X lui a donnée pour le Jubilé de 1650. Il souhaitait que Francesco Borromini conserve la structure de la basilique primitive, ainsi que les nouvelles formes curvilignes que l'on peut voir sur la contre-façade, si chère à l’art baroque pour représenter l'accueil de la vie humaine.
La nef ressemble à l'intérieur de la Jérusalem céleste décrite par l'Apocalypse, avec ses douze portes protégées par les douze apôtres. En effet, dans les niches, douze portes sont représentées et devant chacune d'elles se trouve une statue de l'un des Douze. Ceux qui participent à la liturgie dans la Basilique sont idéalement au nombre des sauvés dans la Jérusalem descendue du ciel. Les colombes au-dessus des tabernacles et dans la voûte de l'entrée, au-delà de la commémoration du pape Pamphilj, sont idéalement liées à la représentation du Saint-Esprit.
Borromini a conservé le sol médiéval, œuvre de maîtres consommés, comme une prairie de marbre menant à l'autel. Les ovales, dans lesquels il avait laissé le mur apparent comme vestige de l'ancienne église, ont été recouverts au XVIIIe siècle de peintures représentant les prophètes.
Les bas-reliefs en stuc, que Borromini voulait temporaires, illustrent les récits bibliques selon la lecture typologique de l'histoire du salut, caractéristique de la foi chrétienne et adoptée par la liturgie et la catéchèse : chaque épisode de l'Ancien Testament est considéré comme une préfiguration du Nouveau. Par exemple, dans la deuxième paire de stucs partant de l'autel, l'arche de Noé est une préfiguration du Baptême.
Derrière le troisième pilier de la nef droite se trouve un fragment d'une fresque médiévale, connue sous le nom de Loge des bénédictions, représentant le pape Boniface VIII en train de prendre possession du siège du Latran ou en train de proclamer le premier Jubilé. L'attribution à Cavallini ou à Giotto est controversée.
