A abside está agora recuada em comparação com a antiga. Com efeito, em 1884, Leão XIII quis uma ampliação do presbitério. Seguindo os questionáveis critérios de intervenção artística da época, foi realizada uma releitura do mosaico do século XIII, mantendo inalterada a sua iconografia, mas corrompendo irremediavelmente a sua dimensão artística. O mosaico foi encomendado pelo Papa Nicolau IV (1288-1292), o primeiro franciscano a ser eleito papa, a Jacopo Torriti, que por sua vez modificou o mosaico do século V.
O mosaico da abside retrata o rosto de Cristo no topo – que, segundo a tradição, apareceu milagrosamente a São João – e, por baixo dele, a pomba do Espírito. Provavelmente, originalmente, a mão do Pai estava representada por cima do rosto de Cristo, compondo a Trindade.
Toda a Misericórdia da Trindade é revelada na cruz adornada em baixo, que está como que envolta em luz que se transforma em água. No batismo de Jesus, anuncia-se que Ele é o Filho predileto de Deus. Através do nosso batismo, somos todos unidos a Ele para nos tornarmos também filhos de Deus.
De facto, na base da Cruz existe uma montanha paradisíaca da qual brota água que se divide em quatro rios, recordação da fertilidade prometida no Génesis e realizada na Jerusalém celeste (Gn 2,10-14 e Ap 22,1). Dois veados e uma infinidade de criaturas que tiram vida à Trindade revelada na cruz bebem dessa água. Em suma, é toda a Igreja, sacramento da humanidade, que bebe da fonte da vida.
A igreja é também representada pelas paredes adornadas com joias da Jerusalém Celeste, protegidas pelo Arcanjo Miguel, que se encontra sob a cruz. Os apóstolos Pedro e Paulo estão nas suas torres douradas, enquanto no centro vê-se a fénix árabe, um símbolo medieval da imortalidade.
À esquerda da cruz, a Virgem intercede pelo Papa Nicolau IV, ajoelhado, seguida por São Francisco, de menor estatura, acompanhado pelos Santos Pedro e Paulo; à direita o Batista, que completa a deesis, é seguido por Santo António, também pequeno, e pelos Santos João e André.
Mais abaixo estão os outros nove apóstolos e duas pequenas figuras em hábito franciscano retratando Jacopo Torriti, o artista do mosaico, e Jacopo da Camerino, que o ajudou, evidentemente frades artistas.
