O Museu do Tesouro da Basílica de São João de Latrão foi inaugurado em 1984 por São João Paulo II e oferece aos visitantes um longo conjunto de paramentos e mobiliário litúrgico de diversos géneros, relicários e objetos significativos da história secular da Basílica. Caminhar dentro do Museu do Tesouro da Basílica permite deparar-se com obras que abrangem um período desde a Idade Média até aos dias de hoje.
Entre as vitrinas do museu, pode-se admirar as correntes de São João Evangelista, com as quais o santo foi amarrado de Éfeso a Roma, ou ainda as relíquias – para citar apenas algumas – de Santa Helena, Santa Cecília, Santa Bárbara, São Francisco, Santa Catarina de Sena, São João Batista e Santa Maria do Egito. Entre as belezas do museu, está também o pluvial que, segundo a tradição, o Papa Bonifácio VIII usou quando proclamou o primeiro Jubileu da história, em 1300.
Um dos elementos mais significativos deste museu é a Cruz Lateranense ou também chamada de Cruz Constantiniana, famosa pela sua profunda mensagem teológica. Existem também inúmeras doações feitas pelos Presidentes da República Francesa, desde Charles de Gaulle em diante, protocónegos honorários da Basílica de Latrão. Importante é também o ostensório de Latrão, que remonta a 1830, encomendado pelo capítulo lateranense para lembrar um antigo ostensório destruído pelas tropas de Napoleão no final do século XVIII.
De particular interesse é também a vitrina dedicada ao Jubileu, que exibe alguns dos instrumentos utilizados para abrir a Porta Santa da Basílica. Além deles, estão expostos alguns tijolos de diferentes períodos da Porta Santa. Entre os documentos aqui expostos, pode observar-se a Bula de Proclamação do Grande Jubileu do Ano 2000 assinada pelo Papa São João Paulo II e a Bula de Proclamação do Concílio Ecuménico Vaticano II assinada pelo Papa São João XXIII.
Por fim, pode-se admirar a Tapeçaria Lateranense feita em Roma pelo Cardeal Chigi em 1620. Nela, destacam-se aqueles a quem a Basílica de Latrão é dedicada, nomeadamente o Santíssimo Salvador, juntamente com os Santos João Batista e João Evangelista. Estas três figuras envolvem completamente o complexo de Latrão, que é mostrado como era até ao final do século XIX.