En la Capilla de san Venancio, realizada por los papas Juan IV (640-642) y Teodoro (642-649), los neófitos apenas bautizados en la noche de Pascua recibían la Confirmación, antes de entrar solemnemente en procesión en la basílica para asistir a la Eucaristía.
La capilla, muy querida por los eslavos, especialmente por los croatas, fue pensada para acoger las reliquias de los mártires dálmatas Venancio y Domnión. El mosaico del ábside presenta en el centro al Salvador y, bajo Él, su Iglesia, representada por la Virgen orante acompañada, a la derecha, por san Pedro -que lleva el pastoral con la cruz-, san Juan Bautista, san Domnión y el Papa Juan IV; y a la izquierda, por san Pablo -con sus cartas en la mano-, san Juan Evangelista, san Venancio y Teodoro, que ofrece la construcción: la Iglesia entera, celeste y terrestre, reza a su Señor.
Arriba están los símbolos de los cuatro evangelistas, y a los lados, las dos ciudades de Belén y Jerusalén, que recuerdan el nacimiento de Jesús y la Pascua.
Las capillas de san Juan Evangelista y de san Juan Bautista fueron edificadas al final del s. V por el Papa Hilario (461-468), como agradecimiento a los dos santos por haber escapado al peligro que corrió en Éfeso en el año 449.
El arquitrabe de entrada a la capilla dedicada a san Juan, el evangelista que más se adentró en el misterio de la divinidad y de la humanidad del Hijo, lleva esta inscripción dedicatoria: “A su liberador, el bienaventurado Juan Evangelista, de Hilario, siervo de Dios”; y la cita de san Juan: “Diligite alterutrum”, “amaos los unos a los otros”.
Siendo diácono, Hilario fue enviado por el Papa León Magno como su delegado a Éfeso para hacer frente a Eutiques, quien afirmaba que Cristo posee una única naturaleza, divina: incluso después de la encarnación, se debía afirmar solo la naturaleza divina de Cristo. El llamado “latrocinio de Éfeso”, del año 449, parecía marcar la victoria de esta posición monofisita; pero dos años después, en el concilio de Calcedonia (a. 451), se reafirmó que Jesucristo es una única persona con dos naturalezas íntegras y completas, divina y humana, que están unidas sin mezcla, sin cambio, sin división y sin separación. Cuando sucedió a León Magno, Hilario construyó estas dos capillas.
