Na Capela de São Venâncio, construída pelos Papas João IV (640-642) e Teodoro (642-649), os neófitos recém-batizados recebiam o Crisma na noite de Páscoa antes de entrarem solenemente na Basílica em procissão para participar na Eucaristia.
A capela, muito venerada pelos eslavos e particularmente pelos croatas, foi concebida para albergar as relíquias dos mártires dálmatas Venâncio e Dômnio. O mosaico da abside tem o Salvador no centro e por baixo dele a sua Igreja, representada pela Virgem orante com à direita São Pedro, com o bastão cruzado, São João Batista, São Dômnio e o Papa João IV e à esquerda São Paulo, com as suas cartas na mão, São João Evangelista, São Venâncio e Teodoro que oferece a construção: é a Igreja inteira, celeste e terrestre, que ora ao seu Senhor.
No topo estão os símbolos dos quatro evangelistas e nas laterais as duas cidades de Belém e Jerusalém, que recordam o nascimento de Jesus e a Páscoa.
As Capelas de São João Evangelista e de São João Batista foram construídas no final do século V pelo Papa Hilário (461-468), como agradecimento aos dois santos por terem escapado ao perigo em Éfeso em 449. A arquitrave de entrada da capela dedicada a São João, o evangelista que mais penetrou no mistério da divindade e humanidade do Filho, tem a inscrição dedicatória: “Ao seu libertador, o bem-aventurado João Evangelista, Hilário, servo de Deus”, e a citação joanina: “Diligite alterutrum” (amai-vos uns aos outros).
Hilário, diácono, foi enviado pelo Papa Leão Magno como seu delegado a Éfeso, cidade do cristianismo joanino, para se opor a Eutiques, que afirmava que Cristo possui uma natureza única e divina: mesmo depois da encarnação, só a natureza divina de Cristo tinha de ser afirmada.
O chamado “latrocínio de Éfeso” de 449 pareceu marcar a vitória desta posição monofisista, mas dois anos depois, no Concílio de Calcedónia de 451, foi reafirmado que Jesus Cristo é uma só pessoa com duas naturezas íntegras e completas, divina e humana, que estão unidas sem confusão, sem mudança, sem divisão, sem separação.
Tendo sucedido a Leão Magno, Hilário construiu estas duas capelas.
