Dans la chapelle San Venance, construite par les papes Jean IV (640-642) et Théodore (642-649), les néophytes nouvellement baptisés recevaient la confirmation la nuit de Pâques, avant d'entrer solennellement en procession dans la basilique pour participer à l'Eucharistie.
La chapelle, très vénérée notamment par les Slaves et les Croates, a été conçue pour abriter les reliques des martyrs de Dalmatie Venance et Domnion. La mosaïque du bassin de l'abside présente au centre le Sauveur et en dessous son Église, représentée par la Vierge en prière avec à droite saint Pierre, au bâton croisé, saint Jean-Baptiste, saint Domnion et le pape Jean IV et à gauche par saint Paul, avec ses lettres à la main, saint Jean l'Évangéliste, saint Venance et Théodore qui propose la construction : c'est toute l'Église, céleste et terrestre, qui prie son Seigneur.
En haut se trouvent les symboles des quatre évangélistes et sur le côté les deux villes de Bethléem et Jérusalem, qui rappellent la naissance de Jésus et la Pâques.
Les chapelles Saint-Jean l'Évangéliste et Saint-Jean-Baptiste furent cependant construites à la fin du Ve siècle par le pape Hilaire (461-468), en remerciement aux deux saints d'avoir échappé au danger à Éphèse en 449. L'architrave d'entrée de la chapelle dédiée à Saint-Jean, l'évangéliste qui a le plus pénétré le mystère de la divinité et de l'humanité du Fils, porte l'inscription dédicatoire : “À son libérateur le bienheureux Jean l'évangéliste, Hilaire, serviteur de Dieu”, et la citation johannique : “Diligite alterutrum” (aimez-vous les uns les autres).
Hilaire, diacre, avait été envoyé par le pape Léon le Grand comme son délégué à Éphèse, ville johannique, pour contrer Eutychès qui affirmait que le Christ possède une unique nature, divine : même après l’incarnation, on devait affirmer seulement la nature divine du Christ.
Le soi-disant “brigandage d'Éphèse” de 449 sembla marquer la victoire de cette position monophysite, mais deux ans plus tard, lors du Concile de Chalcédoine de 451, il a été réaffirmé que Jésus-Christ est une seule personne avec deux natures intégrales et complètes, divine et humaine, qui sont unies sans confusion, sans changement, sans division, sans séparation.
Succédant à Léon le Grand, Hilaire fit construire ces deux chapelles.
