El baptisterio constantiniano fue realizado readaptando el ninfeo de un área termal ya existente en el lugar. Sin embargo, la estructura actual es fruto de la remodelación querida por Sixto III (432-440), el mismo Papa que edificó la basílica de Santa María la Mayor. A él se deben la planta octagonal y el doble orden de columnas con arquitrabe. El octágono recuerda simbólicamente que el tiempo marcado por las semanas, tal y como se impuso a partir del primer capítulo de la Biblia, está inacabado, si bien en el Génesis ya aparece el séptimo día como jornada de fiesta: es el gran don del descanso semanal, desconocido antes del hebraísmo, que la Iglesia ha llevado al mundo entero.
Pero ese tiempo que siempre se repite, de semana en semana, necesita un cumplimiento, un día más, precisamente el octavo, que abra el fluir del tiempo a la eternidad a través de la resurrección de Cristo “el primer día después del sábado”, como recuerdan los Evangelios.
Sobre el arquitrabe pueden verse los versos -quizá obra del futuro Papa León Magno, entonces diácono- con los que Sixto III quiso que se anunciase el valor de la gracia del bautismo durante la disputa pelagiana (Pelagio consideraba, a diferencia de la Iglesia y de san Agustín, que la iluminó sobre este punto, que el ser humano podía vivir la fe solamente con sus propias fuerzas, sin necesidad de la gracia de Dios). La inscripción dice así:
“Nace de esta semilla divina un pueblo que ha de ser santificado, al que el Espíritu da vida con esta agua fecundada. Sumérgete, pecador, en este río sacro, para ser purificado. El agua devolverá nuevo lo que ha recibido viejo. No hay ya distancia entre los que renacen, una sola Fuente, un solo Espíritu, una sola fe los unen. La Madre Iglesia da a luz virginalmente en esta agua a los hijos que concibió por inspiración de Dios. Si quieres ser inocente, purifícate en este lavacro, tanto si te oprime la culpa paterna [la de Adán, es decir, el pecado original], como si lo hace la tuya. Esta fuente es la vida y salva a todo el mundo, habiéndose originado en las heridas de Cristo. Esperad en el reino de los cielos, vosotros que habéis renacido en esta fuente. Los que han nacido una sola vez no reciben la vida bienaventurada. Que nadie se aterrorice a causa del número o de la forma de sus propios pecados: quien ha nacido en este río será santo”.