Le déclin du Palais du Latran commença avec ce qu'on appelle la “captivité d'Avignon”, c'est-à-dire la tentative du royaume de France de se soumettre le pontife et sa Curie et le déménagement conséquent des papes à Avignon - dont la suppression des Templiers est l'un des premiers signes, auquel la papauté du début du XIVe siècle ne put s'opposer avec une force suffisante.
Au retour d'Avignon, la résidence papale se déplaça toujours plus vers la basilique de Saint-Pierre, si bien que le Latran tomba dans un état de détérioration progressive.
La reconstruction du Palais du Latran réalisée par Sixte V fut vaine et fut finalement plus symbolique qu'effective : au cours des siècles suivants, il connut diverses utilisations, mais aucune ne fut permanente.
Ce furent les papes du Concile Vatican II qui comprirent qu’il était bon de différencier deux organismes, l’un au service du monde entier et l’autre au service de Rome.
C'est pourquoi aujourd'hui le Pape a deux Curies : celle du Vatican, pour le monde entier, et celle du Latran, au service de la ville de Rome.
Jean XXIII fut le premier à affirmer : « Oh ! Si le Pape, évêque de Rome, réunissant toute l'administration diocésaine dans sa cathédrale, pouvait rassembler ici, avec une plus grande ampleur, toute l'organisation du diocèse de Rome ! »
Paul VI, insistant sur le rôle du Pape comme évêque de Rome et réorganisant la vie du Vicariat au Latran, concrétisa cette intuition en 1977.
Dans un discours prononcé au Latran en 1975, il rappela l'état de désolation du Latran et son rêve qui prenait forme : « Je me souviens que la première fois que je vins à Rome (j'avais 8 ans et demi), nous fîmes une excursion à Saint Jean de Latran ; Je me souviens encore très bien du sentiment de désolation qui m'a surpris dans cette grande maison, sombre, fermée, abandonnée de toutes parts. Et je me suis dit : c'est la mater et caput. Je me souviens de toutes les fois où, comme jeune étudiant, j'avais l'occasion de passer devant cet édifice, beau mais en ruine : on le voyait depuis les fenêtres et les portes fermées, de l'impossibilité d'entrer. Et toujours les enfants et les jeunes rêvent : d’où la nécessité de redonner vie à l'église romaine. »
Toujours plus, avec les pontificats et les Vicaires successifs, le Latran a pris forme dans sa nouvelle dimension de service à Rome : de même que l'amour du pontife pour le monde entier se manifeste dans la Curie Vaticane, de même son amour pour le diocèse s'exprime dans le travail des Bureaux du Latran qui soutiennent le Vicaire dans cette mission.
Ainsi la basilique et les bâtiments annexes ont retrouvé leur signification originelle, et leur fonction est aujourd’hui clairement lisible pour qui s'y rend en pèlerinage et y trouve un lieu vivant et accueillant, signe expressif de toute la communauté romaine.
